魏晉隋唐時期，中醫學理論系在其發展過程中到了社會實踐特別是醫療實踐的影響，出現了原有科學理論與新的科學事實相矛盾的況。在社會需求的推下，中醫學理論系不斷發生分化與綜合，新的學派和分支學科應運而生。

中醫學理論系的發展是在理論與實踐、分化與綜合、傳統與創新的對立統一運中不斷前進的。它反映了當時的文化科學技水平。在這一時期，基礎理論研究的特點是一方面繼承整理《黃帝經》、《傷寒雜病論》等經典著作，并對其進行闡發和注釋，如楊上善、王冰對《黃帝經》的注釋和發揮，王叔和、孫思邈對《傷寒雜病論》的整理嚴究；另一方面重視總結臨床經驗，揭示疾病現象與本質的關系，并使之上升為理論。例如晉代王叔和的《脈經》奠定了脈學理論與方法的系統化、規范化的基礎，是我國現存最早的脈學專著。隋代巢元方的《諸病候論》是一部病因、病理學和證候學專著，反映了11世紀時中醫學理論與臨床醫學的發展水平，對后世醫學的發展有著深遠的影響。晉代皇甫謐的《針灸甲乙經》系統地論述了臟脂、經絡、、病機、診斷、治療、忌等容，建立了較完整的針灸理論系。唐代孫思邈的《備急千金要方》和《千金翼方》，詳盡地記載了唐以前醫學著作的醫學理論、方劑、診法、治法、食養等作為一個醫生所必備的各種醫學理論和實踐知識，代表了盛醫學的先進水平，堪稱我國第一部醫學百科全書。

總之，魏晉隋唐時期的中醫學理論系在秦漢時期的基礎上得到了進一步的充實和系統化，為后世的中醫學發展奠定了重要基礎。