食源病毒是危害食品安全的重要因子。它是指以食為載，導致人類患病的病毒，包括通過糞-口途徑傳播的病毒和以畜產品為載傳播的病毒。食源病毒主要分為三大類，分別是人類腸道病毒、人和共宿主的食源病毒以及朊病毒。
人類腸道病毒主要存在于人糞便中，而江河口貝、甲殼類生一般也可以發現腸道病毒的存在。人和共宿主的病毒種類繁多，傳播途徑也復雜。例如禽流病毒和今年的新冠病毒，最初被認為是華南海鮮市場的野味是新冠病毒的傳染源。而北京新發地的新冠疫調查發現，切割三文魚的案板被檢測出活病毒。朊病毒是一類能夠浸染并在宿主細胞生存的蛋白質，瘋牛病的病原就是一種朊病毒。
食品可以作為病毒的載，每年全世界因食用被病毒污染的水和食品而引起疾病的況時有發生。研究表明，病毒能夠在食品中存活數天甚至數周而不喪失染。許多傳統的抑制食品中微生的工藝，如pH、溫度和水分活度等，并不能很好地控制病毒的繁。因此，病毒作為引起食源疾病的重要因素之一，其危害是不容忽視的。
食源病毒的消滅并不容易，但傳統的熱理仍然是最有效的消毒工藝之一。熱理能夠明顯減病毒的含量，有研究表明，牛在65-75℃范圍，溫度升高時，HAV病毒數量迅速減，其原理可能是高溫改變了病毒上殼蛋白的結構。近年來，科研人員也在研究其他新型理技對食源病毒的消毒影響，主要包括高靜技、紫外線技和輻照技等。
另外一種策略是從源頭加以控制。食源病毒的源頭控制包括加強對食品生產人員的健康管理。以甲肝病毒為例，病毒攜帶者直接或間接接食品而被污染。對食品生產、加工人員要定期進行檢，早發現、早診斷和早隔離。對病人的排泄、、食、品、床單、等進行嚴格消毒。此外，控制病毒對食品的污染以及對人的危害在明顯季節上呈現。某一時期某個地區某種病毒污染食品數量的顯著增加即為流行污染。因此，應注意在適當的時機控制來自病毒發區域的原料。同時，加強加工人員的手部清潔，特別是在加工理食或如廁后，以及理嘔吐或糞便后，應徹底洗凈雙手，保持良好的衛生習慣。此外，加強水的管理也是重要的控制措施，因為水源傳播是連接病毒攜帶者和食品污染的重要環節。加強飲用水的管理，保護水源，嚴防飲用水被糞便污染，有條件時可對飲用水進行消毒理。此外，食品生產加工環境的控制也是重要的措施，對食品原料在加工、運輸、儲存和銷售的各個環節中進行嚴格控制，防止被污染生產原料、加工設備、用和水源。食品加工可以通過控制食品中管道殺菌、水理殺菌、加工設備消毒和品配方中殺菌消毒等方法來殺滅食源病毒。
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