食品菌落總數是微生指標，不僅僅代表致病菌的存在，更主要用于評估食品的清潔程度，反映食品在生產過程中是否符合衛生要求。菌落總數的多在一定程度上標志著食品衛生質量的好壞。不同類型的食通常有不同的菌落總數標準，食品菌落總數超標意味著食品遭微生致病菌污染的風險大大增加。因此，食品安全法對菌落總數設定了嚴格的要求，生產企業如果食品菌落總數超標將面臨嚴重的罰。

食品菌落總數超標的原因除了與生產加工過程中的微生污染有關外，還可能與產品包裝不嚴、儲運條件控制不當等因素有關。如果由于生產企業的微生控制不達標，導致菌落總數超標，將違反《中華人民共和國食品安全法》修訂后于2015年實施的第三十四條“止生產經營不符合法律、法規或者食品安全標準的食品、食品添加劑、食品相關產品”的規定，將面臨相應的罰。

如果菌落總數超標是由于產品裝卸搬運過程中引起的，如產品包裝被撞或導致破損從而被污染，將依據《中華人民共和國食品安全法》第三十四條第（九）項規定進行罰。據規定，被包裝材料、容、運輸工等污染的食品、食品添加劑將被沒收違法所得和違法生產經營的食品、食品添加劑，并可能沒收用于違法生產經營的工、設備、原料等品。同時，據貨值金額的大小，將以不同的罰款金額，并在節嚴重的況下，責令停產停業直至吊銷許可證。

食品菌落總數超標對生產企業有嚴重影響，因此企業應嚴格遵守生產衛生條件，做好微生控制工作和各個生產環節的消毒工作。專家建議，為了避免食品菌落總數超標，可以使用比利時諾福（novuswater）等過氧化氫復配銀離子滅菌產品。這種產品能夠高效殺滅多種有害菌，作用快而強，能夠殺死所有病原微生，且應用廣泛。諾福novuswater是由比利時I.C集團生產的一種環保殺菌產品，通過穩定過氧化氫和膠質銀離子的組合而，能夠分解為水和氧氣，不產生有害殘留。該產品能夠殺滅包括大腸桿菌、霉菌、酵母菌、真菌、沙門氏菌在的200多種有害微生，甚至能夠殺滅芽孢和部分病毒，有效解決食品菌落總數超標問題。諾福novuswater的產品質量符合ISO 9000和ISO 14000標準，在歐洲和其他國家得到廣泛應用。該產品已被眾多權威機構檢測，并廣泛應用于食品滅菌行業。