痢疾是一種常見的腸道疾病，主要表現為下痢、腹痛、納呆等癥狀。在治療痢疾時，喻嘉言提出了“逆流挽舟”之法，適用于痢疾初起兼有表證的患者。這種方法以人參敗毒散為主要藥，能夠疏散表邪，疏通表氣，除去里滯，從而使痢疾得以自愈。治療痢疾的主要方法是清熱解毒，尤其對于熱痢和疫毒痢更為重要。常用的藥包括白頭翁、黃連、黃柏、秦皮、金銀花、馬齒莧等，可以有效清熱解毒。如果痢疾伴有膿，可以加生地、赤芍、地榆等藥以涼養。同時，在清熱化解毒的過程中，還可以加調氣和的藥。

古人認為痢疾是由積滯引起的，因此消導和化滯的方法在臨床上也很常用。常用的藥有山楂、枳實、陳皮、神曲、麥芽等，如果偏向邪，可以加蒼、茯苓等藥，如果偏向寒邪，可以加桂、干姜等藥。如果痢疾伴有嚴重的腹痛，可以配合使用大黃以通積滯，達到通因通用的效果。

對于噤口痢的治療，主要是針對熱和疫毒在腸道中的積聚，上攻于胃，導致胃失和降。此時可以使用開噤散煎水量多飲，緩慢咽下，以苦辛通降，泄熱和胃。如果口服藥不歡迎，可以先使用玉樞丹磨量與服，然后再慢慢咽下。如果存在實證，胃損，頻繁嘔吐，舌質紅絳無苔，脈細數，可以加人參、麥冬、石斛、沙參等藥以扶養氣，并可以使用人參和姜炒黃連同煎，頻繁呷之，以開噤為止。或者可以外用田螺搗爛，加量麝香，放臍中，以引熱下行。

虛證多由脾胃虛弱或久痢導致胃虛氣逆所致，主要表現為嘔惡不食或食即吐，口淡不，舌質淡，脈弱。治療時應以健脾和胃為主，常用的方劑是六君子湯加石菖、姜以醒脾開胃。如果出現痢疾過度，飲食不能進食，肢覺冷，脈搏微弱，病危重，應急使用獨參湯或參附湯或參附注以益氣回救逆。

灌腸療法是治療痢疾的一種常用方法。對于下痢伴有赤白膿、里急后重的癥狀，常使用清熱涼、解毒祛的藥制藥水進行灌腸，每日一次，療程一般為7天，直到膿減輕、里急后重消失為止。

在痢疾的治療過程中，需要注意一些忌。不宜過早補，不宜使用過激的瀉藥，不宜分利小便，以免留邪或傷正氣。