深圳市中醫院脾胃病科（消化）是國家中醫藥管理局重點專科，廣東省高水平重點專科，廣東省中醫重點專科，深圳市中醫臨床重點專科，中國幽門螺桿菌分子醫學中心深圳數字化分中心。該科室創立于1988年6月，設有脾胃科病區、消化鏡中心、脾胃病專科門診、膽石癥專科門診、脾胃病研究室，以及黃明河、陳福如全國名老中醫藥專家傳承工作室、黃彬廣東省名中醫傳承工作室，李健深圳市名中醫傳承工作室。科室設有5個亞專科，分別為消化道早癌、炎癥腸病、萎胃炎、膽石病、功能胃腸病。經過多年科研探索和臨床實踐，科室已功開發出多項中醫藥院制劑和協定方，如萎胃顆粒、膽胃舒顆粒、理腸湯、參黛愈瘍灌腸、腸息后方等。此外，科室還開展多項中醫特療法，包括推按運經儀、耳豆、針灸、中藥敷、中藥熏洗、中藥熱奄包、紅外線照、中低頻冶療儀、撳針、火龍罐、砭石灸治療等。

消化鏡中心配備10個診療間，擁有高清電子胃腸鏡、超聲鏡、電子十二指腸鏡、超細膽道鏡、膽道子母鏡、雙氣囊小腸鏡、膠囊鏡等先進檢查設備。目前，該中心已充分開展胃腸道普通檢查及相關治療，包括胃腸息切除、鏡下黏下剝離（ESD）、鏡下黏下腫挖除（ESE）、經口鏡食管括約切開（POEM）、超聲鏡引導下細針穿刺活檢（EUS-FNA）、鏡下逆行胰膽管造影（ERCP）、SpyGlass膽道鏡取石、保膽取石（息）、鏡下痔治療、鏡下逆行闌尾炎治療（ERAT）等。深圳市中醫院脾胃病科以其中醫特療法和先進的治療設備為患者提供全方位的脾胃病治療服務。