消化中心是由消化科和消化外科組的醫療機構。消化科是一個集臨床、教學和科研為一的消化系疾病診治中心，擁有一支專業技湛的醫護團隊，并提供30余張床位。消化中心的主任是姜泊教授，他是何梁何利獎獲得者，帶領科室進行大腸癌早期診治、炎腸病和功能胃腸疾病等疾病的診治，并深研究胃腸道微生態系統與腸粘屏障、免疫相關疾病、腸道炎癥和腫瘤發生之間的關系。該科室擁有先進的鏡設備，并開展多項消化鏡微創治療，如無痛鏡檢查、消化道息/腺瘤切除、消化道早癌鏡下粘下剝離（ESD）、食管胃底靜脈曲張套扎和化治療、經鏡膽管括約切口膽管結石取石、碎石和支架置、痔套扎和化治療、超聲鏡下細針穿刺等。自2019年起，消化科擔任昌平區消化鏡質量控制與改進中心。

胃腸外科在科室立之初就確定了“腸功能障礙外科治療”和“胃腸外科微創手技”兩個學科發展方向，并確立了“解決臨床復雜疑難問題、技先進、特鮮明、準微創、多學科團隊（MDT）”的發展理念。該科室的腸功能障礙相關疾病外科治療技源于我國外科學界泰斗黎介壽院士，學科帶頭人李元新教授曾作為黎介壽院士團隊核心員，在黎介壽院士的指導下長期從事腸功能障礙的臨床和科研工作。胃腸外科團隊廣泛應用微創手技開展臨床工作，注重應用最新的手設備和技手段進行高難度胃腸外科微創手。他們使用國最先進的第4代達芬奇手機人和高清腹腔鏡，重點發展手機人和腹腔鏡下消化道重建技和經自然腔道取出標本技（NOSES）、直腸癌超低位保技。

消化科的關鍵指標之一是結直腸病變鏡黏下剝離的RO切除率。鏡黏下剝離是一種常用的治療間質瘤、息等胃腸道良或低度惡腫瘤的方法，可以替代傳統的外科手。腫瘤的R0切除標準通常是指完整切除腫瘤，即無腫瘤殘留。我院2022年的結直腸病變鏡黏下剝離RO切除率達到100%，高于國文獻報道的80%-92%的數據。

胃腸外科的關鍵指標之一是腸瘺患者的住院死亡率。腸瘺是手后最常見的并發癥，也是一種危及患者生命的嚴重并發癥。我院2022年腸瘺的住院死亡率控制在2%以，遠低于國文獻報道的7.4%的數據。另外，我科在慢放腸損傷的確定手切除率和圍手期死亡率方面也取得了顯著的績。2022年，我科慢放腸損傷的確定手切除率保持在85%，高于國際文獻報道的72%的數據。而慢放腸損傷的圍手期死亡率為1%，明顯低于國文獻報道平均水平1.9%。

醫院品質管理中心聯合臨床科室編訂了《2022年北京清華長庚醫院臨床科室重點病種醫療質量與安全關鍵指標匯編》，其中包含了32個臨床科室69個重點病種的126個質量關鍵指標數據。該匯編以“目標為導向”，促進臨床科室特重點業務的發展，強化患者安全管理。此外，醫院還提供了微信訂閱號、掛號小程序、微信服務號和方APP等多種便捷的醫療服務，方便患者就醫和獲取醫院資訊、科普信息。