醫療保障是國家和社會對公民健康的一種基本保障，也是公民有的一項基本權利。我國的醫療保障主要分為兩大系：一是針對職工的基本醫療保險，二是針對城鄉居民的基本醫療保險。城鄉居民基本醫療保險又有兩個子制度，分別是面向農村居民的新型農村合作醫療（簡稱新農合）和面向城鎮居民的城鎮居民基本醫療保險（簡稱城鎮居民醫保）。
新農合是在2003年開始試點的一項針對農村居民的醫療保障制度，旨在解決農村居民看病難、看病貴的問題，實現農村居民“有病能治、有錢能報”的目標。新農合以縣為單位統籌，以家庭為單位參加，以門診統籌和住院統籌相結合的方式進行管理。
城鎮居民醫保是在2007年開始全面推開的一項針對城鎮居民的醫療保障制度，旨在填補城鎮非就業人員的醫療保障空白，實現城鎮居民“有病能治、有錢能報”的目標。城鎮居民醫保以市為單位統籌，以個人為單位參加，以門診統籌和住院統籌相結合的方式進行管理。
從制度的起源可以看出，新農合和城鎮居民醫保分別是為了解決不同群的醫療需求而設立的兩個不同的子制度，它們并不是一回事。然而，在國家政策的推下，為了實現城鄉居民醫療保障的均等化，消除制度上的差別，提高保障水平，促進社會公平和社會穩定，國務院發布了《國務院關于整合城鄉居民基本醫療保險制度的意見》，要求將新農合和城鎮居民醫保整合為一個統一的制度——城鄉居民基本醫療保險（簡稱城鄉居民醫保）。
參保人群方面，新農合的參保人群是農村戶籍的居民，包括農村居民、農村集經濟組織員、農村企業職工、農村個工商戶、農民專業合作社員等。城鎮居民醫保的參保人群是城鎮戶籍的非就業人員，包括未年人、老年人、在校學生、退休人員、失業人員、無業人員等。整合后的城鄉居民醫保的參保對象是所有沒有參加職工基本醫療保險的城鄉居民，不再按照戶籍和就業狀況進行劃分，擴大了參保覆蓋面，增加了參保人口，提高了參保水平。
繳費標準方面，新農合和城鎮居民醫保的繳費標準由各地據實際況自行確定，一般每年調整一次。繳費標準由個人繳費和財政補助兩部分組，個人繳費一般在每年100元左右，財政補助一般在每年300元左右。整合后的城鄉居民醫保的繳費標準也由各地自行確定，但要求逐步提高繳費水平，實現城鄉居民醫保籌資標準的統一。
報銷比例方面，新農合和城鎮居民醫保的報銷比例也由各地據實際況自行確定，一般分為門診報銷和住院報銷兩種況。不過，由于各地制度設計和管理水平的差異，報銷比例也存在較大的差異。整合后的城鄉居民醫保的報銷比例也由各地自行確定，但要求逐步提高報銷水平，實現城鄉居民醫保待遇標準的統一。
待遇差異方面，新農合和城鎮居民醫保的待遇差異主要現在門診統籌范圍、住院起付線、住院封頂線和省異地就醫等方面。整合后的城鄉居民醫保要求逐步擴大門診統籌范圍，降低住院起付線，提高住院封頂線，完善省異地就醫的制度，以實現城鄉居民醫療保障的均等化。
通過以上分析，我們可以看出，新農合和城鄉居民醫保是兩個不同的子制度，有著不同的起源、參保人群、繳費標準、報銷比例和待遇差異。然而，在國家政策的推下，新農合和城鎮居民醫保已經開始整合為一個統一的制度——城鄉居民醫保，以實現城鄉居民醫療保障的均等化，提高公民的健康水平和幸福，促進社會公平和社會穩定。這一整合對于我國的醫療保障系有重要的意義。