支原肺炎的治療需要據個況進行個化的理和治療。一般在確診后，常用大環酯類抗菌藥進行治療，比如阿奇霉素。然而，如果出現阿奇霉素耐藥的況，就需要考慮使用新型四環素類抗菌藥（如多西環素和米諾環素）或者喹諾酮類抗菌藥（如左氧氟沙星）進行治療。然而，由于四環素類抗生素可能引起牙齒永久變，左氧氟沙星可能導致骨骼損傷，很多家長對這種治療方案持抵態度。

據《兒肺炎支原肺炎診療指南（2023年版）》，8歲以上的兒可以使用四環素類抗生素來替代阿奇霉素進行支原肺炎治療；而8歲以下的兒則需要在充分評估利弊后，在獲得家長知同意的況下，按照說明書嚴格使用。此外，在選擇的四環素類抗生素藥時，多西環素相比米諾環素有更高的安全，在推薦劑量和療程沒有持久牙齒黃染的報道。因此，在阿奇霉素耐藥的況下，治療支原肺炎可以選擇多西環素作為短時間的治療方案。

除了配合醫生的藥治療外，對于咳嗽不止的孩子，可以據實際況選擇霧化治療。然而，不建議家長給孩子私自使用止咳化痰藥，任何用藥都要遵醫囑。