染結石是一種復雜的疾病，需要采取積極的治療方法。據國泌尿外科協會指南編輯委員會的最新指南，鏡為基礎的療法（經皮腎鏡）被強烈推薦作為治療腎復雜的鹿角狀結石的首選方法。然而，染結石的治療核心在于預防復發，而不是僅僅通過藥溶解結石。這需要長期有效地控制分解尿素的微生染，改善膀胱健康，保持足夠的尿量，并使用有效的抗生素。然而，當結石殘留時，由于微生和毒素經常停留在結石的間隙中，這些方法很難起效。因此，當發現鳥糞石的患者取出結石后，應當使用廣譜抗生素來治療局部耐藥微生。盡管在治療過程中培養結果可能為，但如果殘留的碎片仍然存在集合系統中，就很有可能復發。
飲食療法是染結石早期采用的治療方法之一。低鈣、低磷和高攝的飲食療法被使用，并同時給予磷酸鋁凝膠和雌激素來治療染結石。然而，鋁和磷酸在腸道中結合會引起一系列副作用，包括便、食減退、昏睡、骨痛和高鈣尿癥。盡管飲食療法限制了磷和鎂的補充劑或食的攝，但該方法仍缺乏證據支持。
酸化尿是預防染結石的一種方法，因為染結石只在堿尿環境中形（PH＞7.2）。然而，抗壞酸和氯化銨不能酸化尿，而左旋蛋氨酸有酸化尿的作用。左旋蛋氨酸通過口服后在肝臟代謝為硫酸鹽和氫離子，從而酸化尿。雖然有研究證實左旋蛋氨酸可以降低尿的PH值，但目前尚無隨機臨床試驗直接比較左旋蛋氨酸與安劑或不治療之間的療效的差別。需要注意的是，對于患有代謝酸中毒的患者止采用酸化尿療法。此外，該療法可能導致骨骼礦質作用，因此尚未被廣泛應用。
長期抗生素治療已被建議用來消除染、去除產尿素酶的微生，從而預防染結石。盡管目前尚無評估長期抗生素預防染結石作用的隨機臨床試驗，但一些研究認為，長期抗生素治療可以降低結石復發率。然而，一些研究指出，長期抗生素治療的有效可能是因為外科治療后染被清除導致的，而非抗生素的作用。因此，在外科治療后采用長期敏抗生素治療來維持尿的無菌狀態和預防結石、染的復發是一個合理的選擇。
尿素酶抑制劑是一種已經被證實對預防染結石有效的藥。尿素酶是鳥糞石形的必要條件，抑制尿素酶可以消除鳥糞石的形因子。雖然有充足的臨床和經驗證據證實尿素酶抑制劑的作用，但其副作用限制了其在臨床上的使用。
腎盂沖洗是一種通過導管注溶解結石的藥來治療染結石的方法。Renacidin是一種酸溶，可以與結石中的鈣結合形枸櫞酸鈣復合，主要用于治療染結石。然而，使用這種試劑需要切觀察患者的狀況，因為它的副作用可能導致嚴重的并發癥。
總之，染結石的治療方法包括飲食療法、酸化尿、抗生素治療、尿素酶抑制劑和腎盂沖洗。每種方法都有其優缺點，患者需要據自況和醫生的建議選擇適合的治療方法。