支原肺炎是一種以咳嗽和發燒為主要癥狀的疾病。中醫認為，支原肺炎的病因包括外因和因。外因是指到風熱邪氣；因則是由于小兒肺臟、衛外不固。病位在肺，常累及心、肝、脾、腎。總的病機是肺氣郁閉。病理因素涉及熱、痰、毒、瘀等方面。病程中可見不同的證候。支原肺炎的初期，多為風熱邪氣由皮或口鼻侵肺臟，導致肺氣郁閉，形風熱閉肺證；在疾病的極期，外邪進轉化為熱，熱灼津形痰，痰熱膠結，阻塞肺絡，形痰熱閉肺證；隨著痰化毒解，肺的氣損，恢復期常見虛肺熱證或肺脾氣虛證。此外，在南方地區和長夏季節還可見熱閉肺證。支原肺炎的重癥多是因為邪熱過盛，肺熱郁滯不解，產生毒熱，熱毒深肺部，形毒熱閉肺證，“毒火盛而蔽其氣，瘀其”，熱毒痰瘀相互結合，進肺系本臟重癥階段，這個階段熱毒痰瘀相互膠結可引發肺不張、壞死肺炎，也可發生閉塞細支氣管炎等。支原肺炎難治多是由于素虛弱，正氣不足，邪氣伏久留，進一步耗傷氣，臨床上主要表現為虛實夾雜證或正虛邪證，病纏綿。此時肺的氣虧虛為主要病機，痰濁、毒瘀夾雜為臨床表現。
中醫治療支原肺炎常采用綜合方案。綜合方案包括中藥辨證口服、外治療法及靜脈滴注治療。靜脈滴注藥可選用有清熱解毒作用的喜炎平注或炎琥寧注等。支原肺炎的初期和極期屬于實證階段，中醫辨證中常見的表里俱熱證有風熱閉肺證；常見的里實熱證有痰熱閉肺證及熱閉肺證。治療風熱閉肺證應以清肺開閉為主，方劑可選用麻杏石甘湯合銀翹散加減；中藥可選用小兒肺熱咳顆粒劑（口服）、小兒咳靈泡騰片（口服）等；對于咳嗽明顯的患者，可以酌加用四季抗病毒口服、肺力咳合劑等；對于發熱明顯的患者，可以酌加用小兒豉翹清熱顆粒、地藍消炎口服等。治療痰熱閉肺證應以清熱化痰、開肺定為主，常用麻杏石甘湯合葶藶大棗瀉肺湯加減；對于痰涎壅盛的患者，可以選用小兒清肺化痰顆粒（口服）等；對于高熱稽留不退的患者，可以選用金振口服等。治療熱閉肺證應以清熱利、開肺定為主，常用麻杏石甘湯合三仁湯加減；中藥可選用清熱化口服等。支原肺炎的恢復期常見虛肺熱證及肺脾氣虛證。治療虛肺熱證應以養清熱、潤肺止咳為主，常用沙參麥冬湯加減；中藥可選用養清肺口服等。治療肺脾氣虛證應以補肺健脾、益氣化痰為主，常用玉屏風散加減；中藥可選用玉屏風滴丸（顆粒）等。