據五運六氣理論，臨床用藥被稱為運氣用藥。《黃帝經》中強調，五味是運氣用藥中的關鍵。五味指的是酸、苦、甘、辛、咸。五味有不同的作用，同時也與有關。據《素問·至真要大論》記載，辛和甘有發散作用，屬于味道；酸和苦有涌泄作用，屬于味道；咸有涌泄作用，淡有滲泄作用，屬于味道。此外，《素問·應象大論》中提到，厚重的味道是的，薄淡的味道是中的。五味進五臟，《素問·至真要大論》中記載了各種味道首先進的臟腑，比如酸先進肝臟，苦先進心臟，甘先進脾臟，辛先進肺臟，咸先進腎臟。五味也會在產生不同的作用，《靈樞·九針論》中提到，酸味作用于筋絡，辛味作用于氣機，苦味作用于，咸味作用于骨骼，甘味作用于。據《素問·至真要大論》，這六種味道有不同的功效，或收斂、或散發、或緩慢、或急促、或干燥、或滋潤、或、或堅固，據況來使用，以調節氣機使之平衡。這六種味道分別是酸、苦、甘、辛、咸、淡。

在治療用藥的原則中，有幾點需要注意。首先是反從其病用藥，即藥的質與疾病的質相反。《素問·至真要大論》中提到：“所謂寒熱溫涼，反從其病也。”也就是說，對于寒疾病要使用熱藥，對于熱疾病要使用涼藥。其次是綜合用藥，比如對于邪氣反勝的治療，《素問·至真要大論》中提到：“燥司于地，熱反勝之，治以平寒。”還有對于、之復的治療，《素問·至真要大論》中提出了的用藥方法。綜合用藥的原則是據不同的味藥綜合治療。第三是據藥的功效使用藥，《素問·五常政大論》中提到：“補上下者從之，治上下者逆之，以所在寒熱盛衰而調之。”這意味著據病的表現來選擇藥。第四是運氣用藥，對于寒氣令的表現，必須補益火以抵寒邪。據不同的運氣特點，對于寒氣大要使用溫熱藥，對于氣重要使用燥熱藥。在飲食中也要遵循這一原則，否則就會引發疾病。這是據運氣特點的食藥原則。《素問·六元正紀大論》中提到：“終之氣，寒大舉，大化……必贊其火，令其寒，從氣異同，多其判也，同寒者以熱化，同者以燥化，異者之，同者多之，用涼遠涼，用寒遠寒，用溫遠溫，用熱遠熱，食宜同法。假者反之，此其道也，反是者病也。”黃元是清代醫學大家，對運氣理論有獨到的認識，其六氣治法非常到位。黃元的六氣治法包括了治療厥風木、君火、相火、太土、明燥金和太寒水的方法。每個治法都有相應的方用藥，充分現了運氣的原理。通過運用這些治法，可以更好地調理和治療疾病。