中醫與現代醫學的發展過程截然不同。現代醫學從蓋倫時期開始就明確了醫學發展的方向，即要通過解構人來揭示其奧。現代醫學教育以金字塔結構為基礎，其中基礎醫學尤為重要，它奠定了現代醫學金字塔結構的基石。金字塔的高度取決于基礎醫學的廣度和深度。最初，基礎醫學的“磚頭”只有維薩里的解剖學，但隨后出現了更多的“磚頭”。例如，威廉哈維通過循環建立了生理學，干尼通過疾病定位學說建立了病理學，列文虎克的顯微鏡促了微生學的發展，施萊登和施旺發展了細胞學理論等。現代醫學通過不斷擴展自的邊界，構建了一個堅實而廣闊的金字塔底座。
相比之下，中醫與現代醫學的發展過程完全相反。中醫試圖通過吸收和應用儒家哲學的概念和思想逐步建立醫學理論基礎，如元氣學說、學說、五行學說、天人相應論等。因此，中醫理論從一開始就有濃厚的哲學思辨氣息，重視宏觀而忽視微觀，注重系建設而忽視個案調研，重視宏大敘事邏輯自洽而忽視臨床實踐的證據。中醫認為要理解人的奧，必須先了解宇宙蒼生，從宏觀角度切，通過尋找人與自然環境之間的互關系來尋找和應對疾病。因此，中醫形了一套充滿哲學思辨特征的基礎理論概念，如“六氣”致病說、氣津說、臟象學說等。整個中醫理論系就像一個倒金字塔，金字塔底部朝上，充滿了各種理論、認知、解釋、邏輯，包括一些并無實證的說法。
我們知道，提出一個認知或理論并不需要復雜的基礎研究，只需坐而論道，邏輯自洽即可。因此，中醫臨床的發展并不需要建立在臨床試驗基礎上的基礎醫學，可以直接從倒金字塔頂部的“源遠流長”且“規模龐大”的理論往下推導，最終用于臨床實踐。這就是中醫一直主張的“理論指導實踐”。然而，中醫的問題在于，中醫理論和認知之間存在各種矛盾和鄙視鏈，導致整個中醫理論系迄今沒有一個可以統一的、經過實證可考的理論框架。這個倒金字塔結構的頂部充斥著各種混的理論，無法整合為一個統一的理論系。
直到1931年，中華民國立了“中央國醫館”并開始對中醫進行整合和標準化。《國醫藥學整理大綱》的制定為解決這一問題帶來了曙。然而，這一努力卻被抗戰所打斷，沒有繼續推進。中醫迄今仍然是“一套基于各種不同說法醫學系”，類似于民國時期各地的軍閥，明面上統一對外自稱國家，實際上只關注自己的利益。
與此相反，現代醫學始終將人和環境的無限解構作為基礎醫學的發展方向。現代醫學通過夯實基礎醫學基礎，逐步構建了自己的醫學系。隨著基礎醫學的不斷發展，現代醫學金字塔的高度不斷提升。
總而言之，中醫與現代醫學采用了不同的發展策略。中醫忽視基礎醫學建設，一直試圖從宏大敘事手，已經瀕臨滅絕。公立醫療機構幾乎沒有中醫診療的空間，只有部分中藥仍在提醒人們中醫的存在。而現代醫學始終保持謙卑的心態，將對人和環境的無限解構作為基礎醫學的發展方向。這種不斷夯實基礎的發展策略使得現代醫學能夠面對各種絕癥，并相信總有一天可以戰勝。歷史已經明確地證明了現代醫學的發展策略的優勢。