從民國開始，中國的醫療衛生系一直以西醫為核心建立，中醫則幾乎被完全忽視。這種局面的發生與中醫的無能和不作為有很大關系。在北洋政府執政時期，全國最高的行政機構是務部，衛生司負責衛生事務。衛生司下設有中央防疫、衛生試驗所、衛生陳列所等機構。然而，在編制相關法律法規的過程中，幾乎沒有任何中醫人士參與其中。這是否意味著北洋政府故意“歧視中醫”或者“崇洋外”呢？事實上，北洋政府是一個左派的民族主義政府，并不像今天的韓國那樣盲目追隨西方。然而，由于當時缺乏衛生醫療方面的專職人才，北洋政府只能學習外國的先進經驗。而當時選擇學習的對象正是日本，而日本明治維新時期廢除了中醫。因此，民國時期出現了“廢止中醫案”。務部下設的“衛生”司負責全國衛生行政事務，而其中沒有中醫的任何影子。民國時期的行醫執照也沒有包含中醫。此外，當時的國民政府還彌補了自宋朝以來一直缺失的辦藥品管理制，公布了《衛生署藥審核委員會章程》。這一系列事件導致了中國過去500年里缺乏藥研發、審批、監管和使用管理制度的歷史。
在明清兩朝，中藥完全是“民間散養”的狀態。只要愿意，任何人都可以隨意制作中藥，質量和藥效無法保證。因此，在方藥管理制中，中醫繼續被忽視。民國時期的衛生署函件醫院也是如此。而在歐洲，早在公元300年的古羅馬時代，已經出現了現代醫院的雛形，而中國直到清末才立了第一家現代醫院，都是民國政府在1929年通過《管理醫院規則》對各級醫院的設置做出一般規定。民國小50年間，中國完了一個現代國家意義上的醫療衛生系建設，而這個過程中中醫似乎完全被忽略。
然而，這并不意味著民國政府故意不理會中醫或者罔顧中醫的意見。事實上，1912年發生的“教育部列中醫案”后，中醫界很快就妥協了，并主提出了統一的中醫教育大綱，得到了政府的認可。因此，民國政府是尊重和重視中醫的。
那麼為什麼中醫在中國的醫療衛生系中完全缺席呢？原因是當時的中醫對國家建設制衛生醫療系不興趣，他們只關心自己的一畝三分地。他們認為國家搞醫療制改革與他們無關，他們認為想看中醫的人看中醫，想看西醫的人看西醫，最好各過各的互不干擾。這種思維方式與中國的小農思維非常相似。因此，當民國政府在1922年制定《管理醫師暫行規則》、1928年制定《衛生部組織法》、1929年制定《衛生部六年訓政時期施政綱領》、1930年制定《地方衛生宣傳大綱》和《中央醫院委員會章程》時，中醫都沒有參與其中，因為中醫認為這些事與他們無關。
直到1929年出臺了“廢止中醫案”，中醫界才意識到問題的嚴重。民國政府回頭停止了廢止中醫的舉措，但中醫并沒有主提出要參與制衛生醫療系的建設，依舊保持著自己的立場。直到1938年，在中醫界的要求下，民國政府才出臺了第一個《中醫條例》。然而，此時國家的醫生、醫療和醫院系已經按照西醫的標準建設完，中醫已經錯過了參與的機會。
這就是為什麼長期以來被視為“國粹”的中醫一直在努力融國家的醫療衛生系，卻沒有取得任何果的原因。因此，中醫界呼吁“分家”也就不足為奇了。中醫界的思維方式往往被認為是小農思維、抱殘守舊、自我封閉和保守排外。國家在推醫療衛生建設時，中醫界選擇不參與，今天卻責怪中西結合而要求西中結合，這種矛盾是難以解決的。